A Igreja de Serra d’El-Rei tem por padroeiro S. Sebastião, um mártir dos séculos III-IV, de quem pouco se sabe ao certo. Sabe-se que foi martirizado em Roma e sepultado nas catacumbas. O seu culto é muito remoto e a tradição di-lo capitão da guarda pessoal dos imperadores e que, por amor à fé, foi condenado à morte e supliciado com setas. A sua memória celebra-se a 20 de Janeiro e é nesta altura que a população da freguesia organiza uma festa em sua honra: a Festa de S. Sebastião.
O início da construção da Igreja parece datar dos finais do século XIV e inícios do século XV, pois o edifício é posterior ao Paço. A sua construção foi muito gradual e parece ter-se prolongado até ao século XVI. D. Pedro I foi o grande impulsionador desta construção na altura em que a povoação crescia. Por ser um Rei muito benévolo para o povo, as casas começaram a concentrar-se cada vez mais perto do Paço.
O seu interior apresenta um grande interesse artístico, especialmente devido ao facto das suas paredes serem forradas a azulejo azul e branco, do século XVI, onde se podem ver retratados episódios da vida de S. Sebastião.
O altar-mor, onde existe uma escultura do Padroeiro, é de talha dourada e existem ainda dois suportes laterais onde estão uma imagem de S. Caetano e outra do Arcanjo Gabriel.
No corpo da Igreja há quatro altares: dois frontais e dois laterais. No lateral da direita está uma imagem de Nossa Senhora da Piedade e no frontal, do mesmo lado, as figuras de Nossa Senhora de Fátima e do Menino Jesus. No lateral esquerdo estão as imagens de Santo António, S. Francisco de Assis e um Senhor crucificado. No frontal esquerdo está uma imagem de Santo Antão.
O teto da Igreja é de madeira e está artisticamente decorado com cinco filas de sete painéis.